ผอ.ศบค.หรือ ศบค.ชุดใหญ่ คือ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ผอ.ศปก.ศบค.หรือ ศบค.ชุดเล็ก คือ พล.อ.สุพจน์ มาลานิยม เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ และ ศบค.ส่วนหน้าที่ตั้งขึ้นมาเพื่อแก้ปัญหาการระบาดในจังหวัดชายแดนใต้ ก็เป็น พล.อ.ณัฐพล นาคพาณิชย์ อดีตเลขาธิการ สมช. ทุกคนล้วนเป็นทหารที่เข้ามาแก้ปัญหาโรคระบาด แม้แต่ ส.ส.พรรคร่วมรัฐบาลยังวิจารณ์ว่าใช้ทหารนำสาธารณสุข
ท่าทีเหล่าทัพภายใต้การนำของ พล.อ.เฉลิมพล ศรีสวัสดิ์ ผู้บัญชาการทหารสูงสุด (ผบ.ทบ.) หลังการประชุม ผบ.เหล่าทัพนัดแรกในปีงบประมาณใหม่ ยังคงย้ำการปฏิบัติหน้าที่ของทหารตามกรอบนโยบายของรัฐบาล พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา โดยเฉพาะการแก้ปัญหา COVID-19 ผ่านกลไก ศปม.ที่ผู้บัญชาการทหารสูงสุดเป็นหัวหน้าศูนย์ และก่อนเปิดประเทศ 1 พ.ย.นี้ ได้เตรียมแผนดูแลสนามบินสุวรรณภูมิ และดอนเมือง โดยอาศัยอำนาจตามกฎหมาย ที่นายกรัฐมนตรีมอบหมายให้ฝ่ายทหารเป็นผู้บัญชาการเหตุการณ์
แม้บทบาททหารในช่วงสถานการณ์ COVID-19 จะย้ำถึงการทำหน้าที่ตามกรอบกฎหมาย แต่ก็เกิดคำถามถึงการใช้กลไกทหารนำสาธารณสุข หลังการแต่งตั้ง พล.อ.ณัฐพล นาคพาณิชย์ เป็น ผอ.ศบค.ส่วนหน้า แก้ปัญหา COVID-19 ชายแดนใต้ ผ่านคำวิจารณ์ว่า เรื่อง COVID-19 ต้องให้หมอนำ ไม่ใช่นำโมเดลมาใช้กับระบบสาธารณสุข
ข้อสรุปของนายอนุทิน ชาญวีรกูล รองนายกรัฐมนตรี และ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข จึงหมายถึงความสำคัญที่ต้องควบคู่กัน ทั้งมิติความมั่นคงและสาธารณสุข ขณะที่ พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี ปฏิเสธแสดงให้ความเห็นต่อคำวิจารณ์ แต่พยักหน้าตอบรับถึงบทบาทและความสำคัญของทหารต่อสถานการณ์ COVID-19
ล่าสุดมีคำยืนยันจากนายศุภชัยว่า นายอนุทินได้กำชับให้ระมัดระวังการแสดงความเห็นผ่านสื่อสังคมออนไลน์ โดยเฉพาะความเห็นที่เกี่ยวกับการทำงานกับพรรคร่วมรัฐบาล พร้อมย้ำว่า ต้องการสะท้อนมุมมองในฐานะ ส.ส.ที่เป็นห่วงการทำงานซ้ำซ้อนเท่านั้น
โครงสร้าง ศบค.ส่วนหน้า ตามคำสั่งนายกรัฐมนตรี ให้อำนาจ พล.อ.ณัฐพล นาคพาณิชย์ ในฐานะ ผอ.ศูนย์รับผิดชอบพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนใต้ สาระสำคัญคือการขับเคลื่อนแก้ปัญหาสถานการณ์ฉุกเฉินเป็นการเฉพาะและชั่วคราว คู่ขนานไปกับการทำงานของ ศบค.ใหญ่ ที่มี พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา เป็น ผอ.ศบค.