ขั้นตอนกู้ซากเรือราชาเฟอรี่ 4 เริ่มขึ้นหลัง "บริษัท เอ็ม.เอส.เซอร์วิส จำกัด" บริษัทที่ได้รับการว่างจ้าง จาก บริษัท ท่าเรือราชาเฟอร์รี่ จำกัด (มหาชน)ให้กู้เรือโดยนำเรือขนาดใหญ่ 2 ลำ ติดตั้งเครนยก 2 ตัว ขนาด 600 ตัน และ 200 ตัน ยกส่วนหัวของเรือราชา 4 ให้โผล่พ้นขึ้นมาบนผิวน้ำ
ก่อนจะทำการพลิกตัวเรือให้หงายขึ้นโดยมีทุ่นดักคราบล้อมรอบบริเวณไว้ป้องกันกรณีมีน้ำมันจากเรือหลุดลอยออกมา พร้อมกับมีเรือประมงขนาดเล็กอีก 3 ลำ แล่นวนเฝ้าระวังขยะที่ติดค้างอยู่ในรถบรรทุกพ่วงภายในตัวเรือจำนวนกว่า 90 ตัน ที่อาจจะกระจายออกมาระหว่างปฏิบัติการเก็บกู้
แม้จะได้รับการยืนยัน จากทีมนักประดาน้ำที่ลงไปสำรวจสภาพขยะ ขณะจมอยู่ใต้น้ำที่ความลึกกว่า 18 ม.ในช่วงแรกของการเกิดเหตุว่า ขยะทั้งหมดยังอยู่ในสภาพที่มีพลาสติกห่อหุ้มและติดอยู่ในพ่วงของรถบรรทุก แต่ก็ปฏิเสธไม่ได้ว่าเหตุการณ์ครั้งนี้ส่งผลกระทบที่ยังไม่อาจประเมินค่าได้ต่อระบบนิเวศใต้ท้องทะเล
ขยะจำนวนกว่า 90 ตันที่จมลงสู่ทะเล เป็นหนึ่งในขยะตกค้างจำนวน 360,000 ตัน ที่สะสมอยู่ในสถานีกำจัดมูลฝอยของเทศบาลนครเกาะสมุย มาตั้งแต่ปี 2551
ด้วยสาเหตุว่า "เตาเผาขยะ" ที่สร้างขึ้นในปี 2542 ผ่านงบประมาณกว่า 500 ล้านบาท โดยกรมโยธาธิการและผังเมือง กระทรวงมหาดไทย ศักยภาพเผาขยะได้ 140 ตันต่อวันที่ได้พังลงหลังจากใช้งานได้เพียง 10 ปีเท่านั้นและด้วยสถานการณ์ที่ต้องรองรับทั้งขยะตกค้างสะสมและขยะเกิดใหม่รายวัน ภายในพื้นที่ 37 ไร่ ที่มีอยู่อย่างจำกัด ทำให้ท้ายที่สุดขยะล้นทะลักส่งกลิ่นเหม็นรบกวนน้ำใต้ดินเกิดการปนเปื้อนไม่สามารถใช้อุปโภค-บริโภคได้ กระทั่งชาวบ้านในชุมชนโดยรอบเริ่มรวมตัวประท้วงเรื่อยมาตั้งแต่ช่วงปี 2553
นางนวรัตน์ สุขเจริญ ประธานชุมชนมะเร็ต-เขาน้อย อ.เกาะสมุย จ.สุราษฎร์ธานี กล่าวว่า "กลิ่นเหม็นก็มีปัญหาต่อชุมชน น้ำไหลลงลำคลอง รวมถึงสารต่าง ๆ ที่ไหลลงใต้ดิน บริเวณนี้ปลูกผักเขาก็ไม่กล้ากิน เพราะเมื่อก่อนบ่อใช้น้ำได้ เดี๋ยวนี้ก็ใช้ไม่ได้"
การบีบอัดมูลฝอยโดยใช้เทคโนโลยีเครื่องบีบอัดจากประเทศสวีเดนพันด้วยตาข่าย 6-7 ชั้น และพันทับด้วยฟิล์มพลาสติกอีกรอบ ก่อนทำการขนย้ายออกจากพื้นที่ไปกำจัดโดยวิธีการฝังกลบที่บ่อขยะในเทศบาลตำบลบ้านส้อง อ.เวียงสระ จ.สุราษฎร์ธานี คือ วิธีที่ชาวบ้านในพื้นที่เห็นร่วมกัน ว่าเป็นทางเลือกที่เหมาะสมที่สุดในเวลานั้น แม้จะมีเสียงทักท้วงจากชาวบ้านอีกกลุ่มว่า สุ่มเสี่ยงต่อการขนย้ายเพราะ "สมุย" เป็นเกาะ การขนย้ายต้องใช้เรือบรรทุกและอาจไปสร้างปัญหาสิ่งแวดล้อมให้กับพื้นที่อื่น
ประธานชุมชนมะเร็ต-เขาน้อย อ.เกาะสมุย จ.สุราษฎร์ธานี กล่าวว่า ตอนนี้คือทำอย่างไรให้ขยะลดน้อยลงไปก่อน แล้วค่อยมาหาวิธีที่ดีที่สุด ที่จะทำให้มันยั่งยืนโดยไม่สกปรกเป็นเตาเผาที่สะอาด
จากผลประชาคมเทศบาลนครเกาะสมุย เปิดประกวดราคาผ่านระบบ e-biding กิจการค้าร่วมปัญจะ ลัคกี้ คลีน เอ็นไวรอนเมนทอล เป็นผู้ชนะ โดยยื่นราคาประมูลต่ำกว่าราคากลางเพียงแค่ 5 บาท สัญญาจ้างขนย้ายขยะตกค้างลงวันที่ 17 ก.ค.63 ระบุเงินค่าจ้าง 153.2 ล้านบาท จำนวน 100,000 ตัน ภายในระยะเวลา 600 วัน
ขั้นตอนการขนย้ายจากสถานีมูลฝอยไปยังท่าเรือจะใช้วิธีเดียวกับการขนย้าย "ขยะใหม่รายวัน" ซึ่งกิจการค้าร่วมได้ทำสัญญากับเทศบาลนครเกาะสมุย และดำเนินการภายใต้สัญญาฉบับแรกมาก่อนหน้านี้
ขยะที่ผ่านการบีบอัดและห่อหุ้มจะถูกลำเลียงใส่รถบรรทุกมีผ้าใบปิดคลุมมิดชิดไปยังท่าเรืออิฐวิเศษกรุ๊ป ซึ่งเป็นเรือที่บริษัทกิจการค้าร่วมปัญจะ ลัคกี้ คลีน เอ็นไวรอนเมนทอล ว่าจ้างให้ขนย้ายขยะตามสัญญาฉบับแรก ข้ามฝั่งเกาะจากสมุยไปยังท่าเรือดอนสัก โดยเรือที่ใช้เป็นเรือบาร์จสำหรับลำเลียงสินค้าโดยเฉพาะ
แต่ "ขยะตกค้าง" ภายใต้สัญญา ฉบับที่ 2 กิจการค้าร่วม เลือกทดลองเปลี่ยนมาว่าจ้างเรือเฟอรี่ของบริษัทท่าเรือราชาเฟอรี่ จำกัด มหาชน ในการขนส่งและการขนย้ายขยะ 90 ตัน เที่ยวแรกก็เกิดเหตุ
นายศรจักร สุวรรณปาล กรรมการบริหารกิจการค้าร่วม ปัญจะ ลัคกี้ คลีน เอ็นไวรอนเมนทอล กล่าวว่า "เบื้องต้นก็ต้องดำเนินการต่อในการขนขยะให้ข้ามไปให้ได้ตามสัญญาโดยใช้ท่าเรือของอิฐวิเศษ"
นายสุธรรม สามทอง รองนายกมนตรีนครเกาะสมุย ระบุว่า การใช้เรือเฟอรี่ขนส่งแทนเรือบาร์จเป็น 1 ใน 3 รูปแบบ วิธีการขนส่งที่กิจการค้าร่วมปัญจะ ลัคกี้ คลีน เอ็นไวรอนเมนทอลได้เสนอในแผนซึ่งผ่านความเห็นชอบให้สามารถทำได้ แต่หลังเกิดเหตุเทศบาลนครเกาะสมุย ได้เน้นย้ำให้กิจการค้าทำแผนทบทวนมาตรการขนย้ายใหม่
หลังจากนี้ ขยะจากเกาะสมุย ทั้งขยะใหม่รายวัน และขยะเก่าตกค้าง รวมกันกว่า 340,000 ตัน จะยังคงจะถูกขนย้ายออกจากเกาะตามสัญญาว่าจ้างทั้ง 2 สัญญา แต่ขณะเดียวกัน เทศบาลนครเกาะสมุยได้ตั้งงบประมาณ 2 ล้านบาทเพื่อศึกษาแนวทางกำจัดขยะบนเกาะสมุยที่ยั่งยืนควบคู่ไปด้วย