หลังจากมีคำสั่งนายกรัฐมนตรีและหัวหน้า คสช.ประกาศใช้อำนาจตามมาตรา 44 เข้าตรวจค้นวัดพระธรรมกาย พร้อมทั้งควบคุมตัวพระธัมมชโย เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย ผู้ต้องหาตามหมายจับศาลอาญา คดีพิเศษเลขที่ 27/2559 ในข้อหาสบคบและร่วมกันฟอกเงินและร่วมกันรับของโจร เมื่อช่วงเช้ามืดที่ผ่านมา
นายชยพล พงษ์สีดา ที่ปรึกษาสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) ระบุว่า ผลที่เกิดขึ้นกับอดีตเจ้าอาวาสไม่กระทบกับกิจกรรมใดๆ ของวัด แต่สำหรับ นพ.มโน เลาหวณิช อดีตลูกศิษย์คนสำคัญของวัดพระธรรมกาย เชื่อว่าสิ่งที่เกิดขึ้นกับพระธัมมชโย ทำให้สถานภาพของวัดถูกสั่นคลอน โดยเฉพาะการบริหารจัดการภายในวัด ที่อาจต้องถูกล้างระบบเดิมที่เคยมีดังนั้นในช่วงต่อจากนี้หากการดำเนินการบังคับใช้กฎหมายประสบความสำเร็จ หน่วยงานสำคัญ อย่าง มหาเถรสมาคม ต้องเข้ามากำกับดูแล ปฏิรูปโครงสร้างบริหารจัดการภายในวัดใหม่ทั้งหมด ให้เป็นระเบียบ โปร่งใส ตรวจสอบได้
ขณะที่ นายคมกฤช อุ่ยเต็กเค่ง นักวิชาการด้านศาสนาจากมหาวิทยาลัยศิลปากร ไม่เชื่อว่าการจับกุมพระธัมมชโยจะกระทบต่อวัดพระธรรมกาย และศรัทธาของศิษยานุศิษย์ เพราะสิ่งที่เขามองคือเครือข่ายวัดพระธรรมกายแผ่ขยาย และปลูกฝังความเชื่อเกินกว่าจะยึดติดเฉพาะตัวบุคคล แม้แต่อำนาจรัฐ หรือ กฎหมายก็ไม่สามารถทำอะไรได้
ขณะที่ ข้อเสนอการปฏิรูปโดยแยกศาสนาออกจากอำนาจรัฐและการปฏิบัติต่อศรัทธา ความเชื่อ ต้องดำเนินการอย่างเท่าเทียม เป็นธรรม เป็นแนวทางที่นักวิชาการด้านศาสนา เชื่อว่าจะเป็นการแก้ปัญหากรณีนี้อย่างยั่งยืนในระยะยาว
ตามกฎหมายคณะสงฆ์ปี 2505 ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมปี 2535 มาตรา 29 และ 30 ระบุไว้ชัดเจนว่า หากพระภิกษุถูกจับจากการกระทำความผิดอาญา เมื่อพนักงานสอบสวน อัยการ ไม่อนุญาตให้ปล่อยตัวชั่วคราว นั่นหมายถึงการต้องถูกจำคุก กักขัง ให้เจ้าหน้าที่ดำเนินการให้พระภิกษุรูปนั้นสละสมณเพศทันที
ขณะที่การพิจารณาความผิดตามกฎมหาเถรสมาคมฉบับที่ 11 เรื่องการลงนิคหกรรม ความผิดทางวินัยสงฆ์จะส่งผลให้พระภิกษุรูปนั้นๆ ถึงขั้นต้องอาบัติ ปาราชิกได้หรือไม่ ต้องขึ้นอยู่กับการพิจารณาตามลำดับขั้นของเจ้าคณะปกครอง ซึ่งมหาเถรสมาคมอยู่ในขั้นสูงสุด คือ ชั้นฏีกา
แต่หากกรณีที่พระภิกษุถูกกล่าวหาอยู่ในขั้นการดำเนินคดีทางโลก จะมีผลให้คดีทางธรรมยุติลงทันที นั่นอาจเทียบเคียงได้ว่า การอาบัติปาราชิกของพระธัมมชโย ตามพระลิขิต สมเด็จพระสังฆราช พระองค์ก่อน อาจไม่สามารถนำกลับมาพิจารณาได้อีก ตามที่ พศ.เคยชี้แจง ยกเว้นแต่มีผู้ร้องในกรณีใหม่ จึงจะเข้าสู่การพิจารณาครั้งใหม่ได้