อีกหนึ่งประเด็นที่น่าสนใจที่มีการวิพากวิจารณ์หลังการแข่งขันคือกรณีแฟนบอลอินโดนีเซียบางส่วนทำลายสมาธินักเตะทีมชาติไทยในสนาม เช่น การยิงเลเซอร์สีเขียวใส่หน้าธีราทร บุญมาทัน ในจังหวะที่กำลังยิงฟรีคิกในทุกๆจังหวะ นอกจากนี้แฟนบอลอินโดนีเซียที่นั่งฝั่งสกอร์บอร์ดยังได้จุดพลุแฟร์ฉลองที่ทีมชาติตัวเองทำประตูได้ ทำให้มีหมอกควันเต็มไปทั้งสนามจนรบกวนนักฟุตบอลทั้ง 2 ทีม
ซึ่ง "ซิโก้" เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง หัวหน้าผู้ฝึกสอนทีมชาติไทย ก็ยอมรับว่า การยิงเลเซอร์ใส่นักเตะคู่แข่งถือเป็นเรื่องปกติในวงการฟุตบอล ก็ต้องทำใจยอมรับ และกลับไปทำผลงานของตัวเองให้ดีในนัดชิงชนะเลิศ เกม 2 ที่ราชมังคลากีฬาสถาน
ทั้งนี้ยังมีรายงานว่าเจ้าหน้าที่ควบคุมการแข่งขันเกมนัดดังกล่าว ได้ทำรายงานเรื่องแฟนบอลอินโดนีเซียมีพฤติกรรมไม่เหมาะสมในสนามส่งถึงสมาพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย หรือเอเอฟซี เรียบร้อยแล้ว ซึ่งจะมีการพิจารณาลงโทษต่ออินโดนีเซียหลังจากนี้
ก่อนหน้านี้เมื่อ 2 ปีก่อนในรอบรองชนะเลิศนัดที่ 2 ที่ไทยพบกับฟิลิปปินส์ในบ้าน ไทยเคยถูกลงโทษมาแล้วจากกรณีแฟนบอลนำพลุแฟร์เข้าไปจุดในสนาม ซึ่งกลุ่มแฟนบอลดังกล่าวถูกลงโทษเพียงห้ามเข้าสนาม และสมาคมฟุตบอลถูกตักเตือนเท่านั้น