ชัยนาท ฮอร์นบิล เป็น 1 ใน 3 ทีมต่อจาก อาร์มี่ ยูไนเต็ด และ บีบีซียู เอฟซี ที่ต้องร่วงตกชั้นสู่ฟุตบอลดิวิชั่น 1 ในฤดูกาลหน้า ภายหลังจากที่สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย สั่งยุติการแข่งขันในช่วงที่เหลือของฤดูกาล 2016 โดยยึดตามตารางคะแนนปัจจุบัน จนมีข่าวว่าชัยนาท อาจจะประกาศถอนทีม
ล่าสุด นายอนุรุทธิ์ นาคาศัย รองประธานสโมสรชัยนาท เปิดเผยว่า สโมสรเห็นด้วยกับการยุติการแข่งขันเพื่อถวายอาลัยต่อพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช แต่สโมสรจะขอต่อสู้เพื่อเรียกร้องความถูกต้องและความยุติธรรมในการที่สมาคมกีฬาฟุตบอลฯปรับให้ชัยนาท และ อาร์มี่ฯ ตกชั้น โดยเบื้องต้นเตรียมยื่นเรื่องร้องเรียนต่อฟีฟ่า และศาลที่เกี่ยวข้อง โดยยืนยันจะไม่ยุบทีม
ขณะที่ในส่วนของแชมป์ฟุตบอลโตโยต้า ลีกคัพในฤดูกาลนื้ ที่ครองร่วมกันระหว่าง บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด กับ เมืองทอง ยูไนเต็ด ก็มีการแบ่งเงินรางวัลรวมกันทีมละ 3 ล้านบาท ส่วนรางวัลรถยนต์เป็นบุรีรัมย์ที่ได้รับ แต่ต้องแบ่งเงินตามจำนวนรถให้กับเมืองทองฯ 40 เปอร์เซ็นต์
ส่วนสิทธิ์ในการแข่งขันฟุตบอลถ้วย 2 รายการ บุรีรัมย์ จะได้สิทธิ์แข่งขันรายการโตโยต้า แม่โขง คลับ แชมเปี้ยนชิพ ส่วนเมืองทองเล่นโตโยต้า พรีเมียร์คัพ