สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะและสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะแห่งญี่ปุ่นทรงไว้อาลัยเป็นเวลา 3 วัน หลังจากทั้งสองพระองค์ทรงทราบข่าวการเสด็จสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชเมื่อวันที่ 13 ต.ค.2559 สะท้อนถึงความสัมพันธ์ใกล้ชิดระหว่างราชวงศ์ญี่ปุ่นกับราชวงศ์ไทย
นอกจากนี้สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้นายชิเคโอะ คาวาอิ ประธานองคมนตรี ในฐานะผู้แทนพระองค์เดินทางไปยังสถานเอกอัครราชทูตไทยประจำกรุงโตเกียว เพื่อแสดงความอาลัยถวายแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชอีกด้วย
ย้อนกลับไปเมื่อปี 2506 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชพร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์พระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินเยือนญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ โดยมีพระบรมวงศานุวงศ์ญี่ปุ่นและประชาชนเฝ้าทูลละอองธุลีพระบาทรับเสด็จอย่างอบอุ่น
ต่อมาในปี 2507 มกุฎราชกุมารอากิฮิโตะพร้อมด้วยเจ้าหญิงมิชิโกะ พระชายาซึ่งเป็นพระยศในขณะนั้น ได้เสด็จเยือนประเทศไทยอย่างเป็นทางการ ทั้งสองพระองค์เสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศไทยในฐานะสมเด็จพระจักรพรรดิและสมเด็จพระจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่นครั้งแรกในปี 2534 หลังจากพระองค์ขึ้นครองราชสมบัติได้ 2 ปี ก่อนที่จะเสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศไทยอีกครั้ง ในฐานะพระราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชในพระราชพิธีฉลองสิริราชสมบัติครบ 60 ปี เมื่อปี 2549
ขณะที่พระบรมวงศานุวงศ์ของไทยได้เสด็จเยือนประเทศญี่ปุ่นหลายครั้ง ไม่ว่าจะเป็นการเสด็จเยือนอย่างเป็นทางการหรือการเสด็จเยือนเป็นการส่วนพระองค์ ซึ่งนับเป็นการแลกเปลี่ยนการเยี่ยมเยือนระหว่างกันเพื่อกระชับพระราชไมตรีระหว่างสองแผ่นดินให้แน่นแฟ้นมากยิ่งขึ้น
ปัจจุบันทั้งสองประเทศดำเนินความสัมพันธ์ทางการทูตมานาน 129 ปี นับตั้งแต่ทั้งสองประเทศลงนามในปฏิญญาทางพระราชไมตรีและการพาณิชย์ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5
นอกจากความสัมพันธ์ด้านเศรษฐกิจแล้ว ทั้งสองประเทศยังมีการแลกเปลี่ยนในด้านการศึกษา วัฒนธรรม การต่อต้านการค้ามนุษย์รวมทั้งการท่องเที่ยวอีกด้วย