ในมหาสมุทรแปซิฟิกหรือมหาสมุทรที่กั้นระหว่างทวีปเอเชียและทวีปอเมริกา จะมีกระแสลมประจำภูมิภาคที่เรียกว่า "ลมสินค้า" (Trade winds) ซึ่งพัดจากด้านตะวันออกของมหาสมุทรแปซิฟิกไปยังด้านตะวันตกของมหาสมุทรแปซิฟิก ทำให้กระแสน้ำอุ่นไหลจากอเมริกาใต้มายังประเทศอินโดนีเซีย และจะเกิดฝนตกในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
แต่ปรากฏการณ์ เอลนีโญและลานีญา จะทำให้กระแสลมและกระแสน้ำอุ่นที่พัดมานั้นเกิดความแปรปรวน และเกิดภาวะแห้งแล้ง (เอลนีโญ) และ ฝนตกหนัก (ลานีญา)
เอลนีโญ ฝนน้อย-น้ำแล้ง
ปรากฏการณ์ที่อุณหภูมิผิวน้ำทะเลบริเวณเส้นศูนย์สูตรในมหาสมุทรแปซิฟิกกลางและตะวันออก อุ่นขึ้นผิดปกติ เพราะลมสินค้า มีกำลังอ่อนกว่าปกติ น้ำทะเลอุ่นจึงถูกพัดไปทางชายฝั่งตะวันตกของมหาสมุทรแปซิฟิกน้อยลง ส่งผลให้เกิดความแห้งแล้งมากขึ้น ขณะเดียวกันก็ไหลย้อนกลับพัดเข้าแทนที่กระแสน้ำเย็นที่อยู่ทางชายฝั่งตะวันออกของมหาสมุทรแปซิฟิก ทำให้เกิดเมฆฝนรุนแรง
ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลียขาดฝนและเกิดความแห้งแล้ง
แต่ชายฝั่งของทวีปอเมริกาใต้กลับมีฝนตกเพิ่มมากขึ้น
ทำให้พื้นที่ฝนตกชุกหรือเกิดอุทกภัยบ่อย จะเผชิญกับความแห้งแล้งเฉียบพลัน อุณหภูมิของอากาศก็สูงขึ้นกว่าปกติ ปริมาณสัตว์น้ำก็ลดลง บางชนิดถึงขั้นอาจสูญพันธุ์ ผลกระทบต่อมนุษย์คือชาวประมงจึงจับสัตว์น้ำไม่ได้
ตัวอย่างเช่น ในปี พ.ศ.2540 น้ำมีอุณหภูมิอุ่นกว่าค่าเฉลี่ยถึง 6 °C ส่งผลให้เกิดปริมาณน้ำฝนที่สูงกว่าค่าเฉลี่ยในบางพื้นที่ของโลก เช่นในพื้นที่บางส่วนของภาคตะวันตกเฉียงใต้ รวมถึงแคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา เคยประสบกับน้ำท่วมและดินถล่มในช่วงปี 2540 และในปี 2558 ระดับน้ำทะเลของแคลิฟอร์เนียตอนใต้ สูงกว่าปกติถึง 15 ซม. นำไปสู่กระแสน้ำที่สูงกว่าปกติและน้ำท่วมชายฝั่งที่เพิ่มขึ้น
ลานีญา ฝนมาก-น้ำท่วม
อุณหภูมิผิวน้ำทะเลบริเวณเส้นศูนย์สูตรในมหาสมุทรแปซิฟิกกลางและตะวันออก เย็นลงผิดปกติ เพราะลมสินค้า มีกำลังแรงกว่าปกติ น้ำทะเลอุ่นจึงถูกพัดไปทางด้านตะวันตกของมหาสมุทรแปซิฟิกมากขึ้น ส่งผลให้ด้านตะวันตกของมหาสมุทรแปซิฟิกเกิดเมฆฝนรุนแรง และด้านตะวันออกของมหาสมุทรแปซิฟิกมีความแห้งแล้งกว่าปกติ
ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลียมีระดับน้ำทะเลสูงขึ้นและฝนตกหนักมากกว่าปกติ
ในทางตรงข้ามก็เกิดภาวะความแห้งแล้งตามแนวชายฝั่งทวีปอเมริกาใต้
พื้นที่แห้งแล้งต้องเผชิญกับภาวะฝนตกหนัก จนเกิดภาวะน้ำท่วม อุณหภูมิของอากาศต่ำกว่าปกติในทุกฤดู ในปี พ.ศ. 2531 น้ำที่เย็นผิดปกติทำให้อากาศเย็นลง น้ำจะระเหยน้อยลง อากาศก็แห้ง เย็น และ หนาแน่นขึ้น เนื่องจากอากาศที่หนาแน่นนี้ ไม่สามารถก่อตัวขึ้นเป็นพายุได้ จึงมีฝนตกน้อยลงในบางพื้นที่ของโลก เช่น แปซิฟิกตะวันออก เอกวาดอร์ เปรู และทางตะวันออกเฉียงใต้ของสหรัฐอเมริกา
ลานีญากำเนิดจากภาษาสเปน หมายถึง "เด็กหญิง" ส่วนเอลนีโญหมายถึง "เด็กชาย"
เอลนีโญ และ ลานีญา ความแปรปรวนที่สำคัญ
เอลนีโญและลานีญาเมื่อรวมกันแล้ว จะเป็นส่วนหนึ่งของวัฏจักรธรรมชาติ ที่สามารถส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญ ต่อสภาพอากาศ ภูมิอากาศ และมหาสมุทรทั่วโลก การเกิดพายุ ภัยแล้ง ไฟป่า หรือน้ำท่วม ซึ่งเป็นภัยธรรมชาติที่ส่งผลกระทบต่อความเป็นอยู่ของทั้งสัตว์ทะเลและมนุษย์และยังรวมถึงการผลิตอาหาร สุขภาพของมนุษย์ และน้ำด้วย ผลกระทบต่อโลกจะอยู่ประมาณ 1-2 ปี และวงจรของ 2 ปรากฎการณ์จะสลับกันทุก 3-7 ปี
แม้ประเทศไทยจะไม่ได้รับผลกระทบโดยตรงจากปรากฏการณ์เอลนีโญและลานีญา แต่ในช่วงใดก็ตามที่เกิดปรากฏการณ์เอลนีโญขึ้น อุณหภูมิภายในประเทศไทยอาจเพิ่มสูงขึ้นกว่าระดับปกติ และอาจเกิดสภาพอากาศแปรปรวนในบางพื้นที่ เช่น ในบริเวณที่เคยมีฝนตกชุกอาจต้องเผชิญกับความแห้งแล้งฉับพลัน หรือในพื้นที่ที่ขาดแคลนน้ำฝนอาจเผชิญกับพายุฝนรุนแรง เป็นต้น