วันที่ 16 มี.ค.2563 นายมูห์ยิดดิน ยัสซิน นายกรัฐมนตรีมาเลเซีย แถลงกับประชาชนทางโทรทัศน์ถึงมาตรการรับมือและควบคุมการระบาดของไวรัส COVID-19 โดยจะปิดพรมแดน ไม่ให้ชาวต่างชาติเดินทางเข้ามา ขณะที่ประชาชนไม่ได้อนุญาตให้เดินทางออกนอกปรเทศ รวมทั้งจำกัดการเคลื่อนไหวของประชาชน ห้ามจัดกิจกรรมทางศาสนา กิจกรรมการกีฬา วัฒนธรรมและกิจกรรมทางสังคม ปิดโรงเรียน มหาวิทยาลัยและธุรกิจห้างร้าน ปิดหน่วยงานราชการทั้งหมด ยกเว้น การประปา การไฟฟ้า ไปรษณีย์ โทรคมนาคม ปั๊มน้ำมัน สถานีโทรทัศน์ ธนาคาร กระทรวงเศรษฐกิจ กระทรวงสาธารณสุข เรือนจำ สถานีดับเพลิง ท่าเรือ สนามบิน ร้านขายของใช้ประจำวัน เริ่มมีผลตั้งแต่วันที่ 18-31 มี.ค.2563
สำหรับการประกาศมาตรการปิดประเทศ เกิดขึ้นหลังตัวเลขผู้ติดเชื้อในมาเลเซียพุ่งสูงสุดในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ จาก 125 คนเป็น 553 คน ในจำนวนนี้เกือบสองในสามมีความเชื่อมโยงกับงานชุมนุมทางศาสนาที่มัสยิดในกรุงกัวลาลัมเปอร์เมื่อวันที่ 28 ก.พ.- 1 มี.ค.ที่ผ่านมา ซึ่งมีผู้เข้าร่วมถึง 16,000 คน ทั้งชาวมาเลเซียและจากอีกหลายประเทศ รวมทั้งประเทศไทย
มีรายงานว่าในจำนวนชาวมาเลเซีย 14,500 คน ที่เข้าร่วมงานชุมนุมทางศาสนาดังกล่าว มีผู้ที่เข้ารับการตรวจหาเชื้อเพียง 7,000 คน แม้ว่ารัฐบาลมาเลเซียและผู้นำศาสนาจะวิงวอนให้ผู้เข้าร่วมงานเข้ารับการตรวจเพื่อลดความเสี่ยงในการแพร่เชื้อ